Luis Filipe Vieira não poupou críticas à direção da Federação Portuguesa de Futebol. Em entrevista ao NOW, o antigo presidente do Benfica deixou duras acusações de parcialidade: «O presidente do Conselho de Justiça foi indicado pelo Sporting, o vice-presidente do conselho de disciplina foi advogado do Sporting, o vice-presidente para a arbitragem é antigo dirigente do Sporting, o presidente da Assembleia Geral foi indicado pelo Sporting, o antigo diretor jurídico do Sporting é o novo diretor jurídico, responsável pelo licenciamento e tem acesso a todos os contratos.»
«É tudo Sporting. É tudo verde. O eixo está a pender para um lado» afirmou Luis Filipe Vieira, antes de criticar a postura de Rui Costa. «O presidente do Benfica permitiu esta decisão, o Benfica e o FC Porto têm de estar lá dentro [na direção da Liga]. É a primeira vez que me lembro de uma cavalgada destas» frisou.
Para Luis Filipe Vieira, a composição da direção da FPF teve impacto no desfecho da Taça de Portugal: «Toda a gente viu o que aconteceu, houve um pontapé na cabeça, O presidente da FPF ainda não veio a público dizer nada. Manda alguns recados. É a história dele. Manipular as pessoas. Ele queria muitos Rui Costas no futebol. Deve estar com problemas de me candidatar.»
«Andou dois anos em meio em campanha para a FPF e era presidente da Liga. Chegou a aliciar-me para convencer o outro candidato [Nuno Lobo] a desistir oara concorrer sozinho» frisou Vieira, visivelmente desagradado.